La rete ferroviaria secondaria della Penisola Salentina, costituita il 1° luglio del 1931, rappresenta l’organico raggruppamento delle linee già esercitate dalla Società Anonima per le Ferrovie Salentine (Lecce-Francavilla, dir. Novoli-Nardò C.le, Nardò-Tricase-Maglie, Casarano-Gallipoli, Francavilla-Locorotondo, Taranto-Martina F.) e dalla Società Anonima per le Ferrovie Sussidiate (Bari-Locorotondo, dir.Mungivacca-Casamassima-Putignano), integrate da due tronchi esercitati dalle Ferrovie dello Stato (Lecce-Zollino-Maglie-Otranto, Zollino-Gallipoli), tutte a scartamento normale.
Con convenzione del 14 ottobre 1931, approvata con R.D.L. 22 ottobre 1931 n. 1480, convertito nella Legge 25 aprile 1932 n. 459, l’esercizio della rete ferroviaria secondaria della Penisola Salentina e la costruzione ed esercizio del tronco Manduria-Nardò della ferrovia Taranto-Nardò, vengono affidate in concessione dallo Stato alla Società Anonima Italiana per le Ferrovie del Sud Est, con sede in Roma; questa Società, costituita dalla Famiglia Bombrini in data 6 agosto 1931, incorpora per fusione le Società per le Ferrovie Salentina e per le Ferrovie Sussidiate, divenendo così unico concessionario statale per l’intera rete.
Alla presidenza della Società viene chiamato il Marchese Dott. Carlo Bombrini, Podestà di Genova, già presidente delle Ferrovie Salentine, nipote del Senatore Carlo Bombrini, fondatore nell’anno 1882 della Banca Nazionale Italiana, poi divenuta Banca d’Italia, e figlio di uno dei più prestigiosi capitani d’industria italiani, Senatore e Cavaliere del Lavoro Giovanni Bombrini, alla cui volontà di realizzazione si deve, fra l’altro, la costruzione del più lungo ed importante acquedotto dell’epoca, l’Acquedotto Pugliese. Con Regio Decreto 16 febbraio 1939 n. 191, alla Società sono assegnate le concessioni delle seguenti autolinee per una lunghezza complessiva d’esercizio di km 397,400: Martano-Serrano-Lecce, Martano-Castro-Lecce, S.Cesarea Terme-Maglie, Supersano-Botrugno-Maglie, Maglie-Galatina-Lecce, Ugento-Cutrofiano-Lecce, Casarano-Parabita, Galatina-Lecce, Neviano-Galatina-Lecce, Manduria-Lecce, Avetrana-Manduria, Nardò-Lecce, Nardò Città-Nardò Centrale, Nardò-Porto Cesareo, Taranto-Manduria, Taranto-S.Marzano, Nardò-Spiaggia S.Caterina-S.Maria.
Allo scoppio della guerra, le Ferrovie del Sud Est sono pronte a sostenere l’urto della massa di uomini, merci e mezzi che si riversano su di esse e durante tutto il periodo bellico, nonostante le difficoltà di approvvigionamento sempre crescenti, il servizio non subisce interruzioni, anzi assicura particolarmente i collegamenti ferroviari tra Bari e Lecce, via Martina F.-Francavilla, di cui si avvalgono le stesse Ferrovie dello Stato per trasporti militari e civili, stante l’impegno militare della linea adriatica Bari-Brindisi-Lecce. Con l’apertura del fronte greco-albanese i trasporti militari verso i porti d’imbarco di Taranto e Brindisi raggiungono particolare rilievo e la ferrovia deve assolvere impegni assolutamente eccezionali. In questo periodo si rende necessario, a causa del continuo aumento di traffico nella stazione di Bari Centrale che rende sempre più difficoltoso il ricevimento dei treni FSE, la trasformazione in stazione del vecchio “posto di movimento” di Bari-Garage che assume la denominazione attuale di stazione di Bari Sud Est.
Alla fine del conflitto, il materiale rotabile risulta in gran parte distrutto o inutilizzabile e tutti gli armamenti ferroviari gravemente danneggiati.
Per rompere l’isolamento in cui vengono a trovarsi numerosi centri della Puglia giunge provvidenziale, nel 1945, la speciale concessione del Comando militare alleato di Bari di gestire 117 autocarri militari tipo Ford e Dodge mentre, nel 1946, dalle officine sociali vengono costruiti veicoli ad un solo asse rimorchiati da trattori.
Con questi mezzi di fortuna, ammessi a circolare dopo notevoli difficoltà, le Ferrovie del Sud Est ripristinano i collegamenti nella Penisola Salentina trasportando viaggiatori e generi di prima necessità.
La ricostruzione del Paese nel dopoguerra vede anche la Puglia impegnata con la realizzazione di nuovi insediamenti urbani e dei primi nuclei di industrializzazione nelle aree di Bari, Taranto e Brindisi che portano all’esplosione del fenomeno sociale del pendolarismo; le Ferrovie del Sud Est assicurano a lavoratori e studenti i collegamenti con i centri di lavoro e di studio.
Entrata in vigore la Legge 2 agosto 1952 n. 1221, che prevede l’intervento dello Stato per risanare le reti ferroviarie in concessione all’industria privata, le Ferrovie del Sud Est vengono ammesse ai relativi benefici e prende così forma il primo piano di ammodernamento, sebbene parziale rispetto al complesso di necessità aziendali essenziali per un effettivo rilancio. L’orientamento governativo, infatti, è rivolto essenzialmente ad eliminare la trazione a vapore immettendo nuovo materiale rotabile (30 automotrici diesel-meccaniche, 22 rimorchiate-pilota, 13 locomotive dieselelettriche, 5 locomotive diesel-idrauliche di manovra), ma le caratteristiche dell’armamento ferroviario e del segnalamento, ormai vetuste e superate, per il cui rinnovo non sono rese disponibili le necessarie risorse, rendono di fatto inattuabile il completo rilancio della ferrovia. La società, così, non potendo pervenire ad un rinnovo totale della rete ferroviaria, è obbligata a difendere il proprio traffico ferroviario con gli stessi mezzi della concorrenza, migliorando e potenziando i propri servizi automobilistici integrativi.
Nel 1950 la rete automobilistica consta di 47 autolinee, per una lunghezza di esercizio di 1.700 km.
Il 16 gennaio 1960, giorno dell’inaugurazione delle prime opere di ammodernamento alla presenza dell’allora Ministro dei Trasporti On. Armando Angelini, segna il definitivo superamento della trazione a vapore, giunta ormai al termine di un’evoluzione tecnica durata più di un secolo, e l’inizio di una nuova era per i trasporti di Puglia.
Alla fine degli anni sessanta, il parco rotabili risulta insufficiente e prende forma, su richiesta degli organi regionali e statali, un secondo piano di ammodernamento sia di mezzi ferroviari che di impianti.
Con i nuovi finanziamenti (disponibili, però, solo alcuni anni dopo) vengono ordinate 15 Fiat serie Aln 668 e 7 rimorchiate pilota serie Ln 882; contemporaneamente viene portato avanti il programma di rinnovo dell’armamento con rotaie 50 UNI e vengono installati impianti ACEI sulle tratte di maggior traffico.
Le esigenze del traffico pendolare nell’area metropolitana di Bari impongono, verso la metà degli anni settanta, due soluzioni nuove: la realizzazione dell’ingresso indipendente nella stazione di Bari Centrale, comune con le Ferrovie dello Stato, e la progettazione del raddoppio del binario sulla tratta Bari Sud Est-Bari Mungivacca della linea Bari-Taranto.
Con Decreto Interministeriale 20 settembre 1985 n. 976, a conclusione di un lungo iter burocratico, diviene operante il passaggio di poteri fra le “Ferrovie del Sud Est S.p.A.” ed il Ministero dei Trasporti che assume, dal 1° gennaio 1986, la diretta gestione dell’azienda in forma di Gestione Commissariale Governativa: Commissario Governativo è nominato l’Ing. Ercole Incalza, Dirigente Generale del Ministero dei Trasporti; Direttore Generale è il Dott. Carlo Bombrini, che prosegue nel solco della tradizione di famiglia la guida dell’azienda.
Nei primi mesi del 1986 viene posto allo studio un piano di ristrutturazione della rete ferroviaria per adeguarla alle accresciute esigenze dell’utenza con più idonei programmi di esercizio, variazioni degli orari dei treni, maggiore sicurezza e regolarità nella circolazione, ampliamento dei servizi automobilistici ad integrazione di quelli ferroviari. Tale piano si pone l’obiettivo di individuare le possibili funzioni del servizio ferroviario viaggiatori e merci, ammodernato e potenziato in rapporto alla situazione territoriale e socio-economica delle aree pugliesi interessate dalle Ferrovie del Sud Est e cioè l’area barese, la fascia Taranto-Brindisi e l’area Leccese-Salentina.
Nel gennaio del 1987 viene inaugurato il raddoppio del binario della tratta Bari Sud Est-Bari Mungivacca, realizzato allo scopo di aumentare le potenzialità della stessa tratta, comune alle linee Bari-Taranto via Conversano e Bari-Putignano via Casamassima, interessate ogni giorno da un rilevante traffico viaggiatori che, nelle fasce di pendolarismo, assume carattere metropolitano.
In tale opera si segnala, prima del genere in Italia, l’installazione di un cavo a fibre ottiche come supporto di trasmissione di un telecomando per il collegamento operativo tra Bari Sud Est e Bari Mungivacca.
Proseguono i lavori di rinnovo dell’armamento con rotaie 50 UNI ed inizia la posa in opera, in sostituzione delle vecchie traverse in legno, delle traverse biblocco in c.a. sulle linee Bari-Taranto e Novoli-Gagliano.
Nelle stazioni aziendali di maggior traffico vengono progressivamente installate le emettitrici elettroniche di biglietti MAEL 401 e viene consegnata la prima delle tre locomotive IMPA DE 122 bimotoriche, da destinare al potenziamento dei servizi sulle tratte ammodernate; si procede all’attrezzaggio dell’Officina ferroviaria di Bari Sud Est.
Contemporaneamente viene portato avanti il programma di potenziamento e rinnovamento del servizio automobilistico che nel 1987 conta 43 autolinee per una lunghezza complessiva di km 2455; vengono acquistati 111 nuovi autobus FIAT 370 in sostituzione di quelli vetusti e 260 emettitrici elettroniche portatili complete di sistema per l’elaborazione contabile e di dati statistici inerenti l’esercizio automobilistico.
La Gestione Governativa prosegue fino a tutto il 2000, con l’ultimo quadriennio (1997-2000) che vede impegnata, nel ruolo di Commissario Governativo per tutte le Gestioni operanti in Italia, le Ferrovie dello Stato S.p.A., in applicazione di quanto disposto dall’articolo 2 L. 662/96. Le F.S. impostano un piano di ristrutturazione dell’azienda preordinato alla costituzione di una società di capitale, in vista dell’ormai prossima liberalizzazione del settore del trasporto pubblico locale, secondo la normativa comunitaria e la conseguente disciplina nazionale affidata al Decreto Legislativo n. 422/1997.
Viene, così, costituita l’attuale Società Ferrovie del Sud Est e Servizi Automobilistici a r.l., con socio unico il Ministero delle Infrastrutture e dei Trasporti, che subentra alla ex Gestione Governativa ed alla quale, a far data dal 1° gennaio 2001, sono affidati, in base a contratto di servizio stipulato con la Regione Puglia, i servizi di trasporto ferroviario ed automobilistico e le attività di gestione dell’infrastruttura ferroviaria.